Los límites de la nueva Vizcaya eran: por el sur, el río de las cañas; que lo separaba de la nueva Galicia; al norte quedaban los llanos de Cíbola; al oriente la región semiárida, y hacia el poniente se extendía hasta el mar del sur (océano pacifico); quedando en su interior la pequeña provincia de Culiacán perteneciente a la nueva Galicia. Francisco de Ibarra dividió el reino de la nueva Vizcaya en 6 provincias: Guadiana, Copala, Maloya, Chemetla Sinaloa y Santa Bárbara cada una al mando de un alcalde mayor. La falta de indígenas que encomendar obligó a los españoles a ocupar mano de obra de otras regiones, inclusive esclavos negros, lo que contribuyo a la formación de castas rígidamente estructurada; españoles, indios, mulatos, coyotes, lobos y negros estas castas tuvieron un rápido crecimiento generando conflictos sociales, como sublevaciones que los conquistadores reprimieron esclavizando a quienes conforme al derecho indiano consideraban enemigos.

En la nueva Vizcaya había ricos yacimientos minerales. Sin embargo, las distancias entre poblaciones y la inseguridad en vías de comunicación originaron círculos económicos de autoconsumo. El descubrimiento de los minerales de Zacatecas y Durango trajo una oleada de españoles que poblaron la región, introduciendo la agricultura y ganadería en cada región minera, quedando a merced de las insurrecciones indígenas o de fenómenos climatológicos que repercutían directamente en los fondos, donde escaseaban los productos y presentaban las hambrunas.

Los yacimientos adquirieron importancia por su magnitud pero su explotación fue limitada por el desconocimiento técnico, los costos y la escasez de mano de obra. Esto generó desempleo y bandolerismo, así como migraciones de los centros mineros, agrícolas y ganaderos de las urbes. No obstante la minería fue la actividad económica más importante de la Nueva Vizcaya ya que la plata extraída permitía a la Corona sustentar su estructura económica.

Las primeras incursiones de los misioneros por las tierras norteñas fueron informales. Los frailes penetraban en las regiones desconocidas, anexando tierras a la jurisdicción del obispado más próximo. Las misiones se extendieron con rapidez a lo largo de la serranía y, para fines del siglo XVI, ocupaban varios poblados en la sierra tarahumara alta y baja, así como en la tepehuana, ocupando incluso tierras de Nuevo México, es decir, la jurisdicción eclesiástica de Guadalajara.

Así, el obispado de la Nueva Galicia creció de tal forma que pronto resultó ingobernable. Por ello, a instancias del virrey y del monarca, el papa Paulo V emitió, el 20 de octubre de 1620, la bula de erección de un nuevo obispado con sede en Durango. En 1636 se incorporó a Durango la provincia de Sonora, separándose en 1732 de lo civil y en 1779 de lo eclesiástico, al erigirse el obispado de Sonora con sede en Arizpe.

Las misiones de los tepehuanes fueron creadas por la Compañía de Jesús, con la finalidad de evangelizar a los pobladores de la Sierra Madre Occidental, correspondientes al actual estado de Durango. El fundador de la llamada "provincia tepehuana" fue el padre Gerónimo Ramírez, quien inició su labor en 1596 con el fin de sentar las bases para el establecimiento de las misiones de La Sauceda, Santiago Papasquiaro y Nazas y, al año siguiente, las de Guanaceví, Atotonilco, Indé y San Ignacio. Las misiones restantes quedaron instituidas hacia 1600, y los jesuitas las retuvieron hasta mediados del siglo XVIII.

Además de la obra religiosa que realizaron los jesuitas, las misiones desempeñaron un papel fundamental en la transformación cultural de los tepehuanes, quienes aprendieron técnicas de agricultura, artes, oficios y, sobre todo, a vivir en pueblos.