Durante el porfiriato, la organización política de Durango fue determinante para ejercer un mayor control sobre la población. La entidad se dividió en 13 distritos o partidos, organizados en municipalidades y jefaturas de cuartel.

Tras su primera reelección, el general Porfirio Díaz nombró gobernadores a jefes militares sin importancia, como el general Juan Manuel Flores, quien gobernó Durango durante 17 años hasta su muerte, en 1897. Después ocuparon el cargo amigos personales del presidente Díaz, sin arraigo en la población.

A los ayuntamientos se les limitó el financiamiento y los impuestos pasaron a las recaudaciones de rentas del estado, lo que redujo aún más el poder de los municipios. Los partidos políticos opositores tuvieron corta vida; al final del porfiriato se consolidan algunos como el Democrático y el Antirreleccionista.

A fines del siglo XIX se llevó a cabo la reforma escolar durangueña, mediante la cual se sustituyó la educación memorista por la racional, basada en la observación de la naturaleza.

Durante el porfiriato se abrieron 123 escuelas primarias públicas, que recibían cerca de 9 mil alumnos, así como 56 establecimientos privados que atendían a mil 486. La educación secundaria y preparatoria se impartía únicamente en el Instituto Juárez y en el Colegio Católico, mientras que la formación profesional que otorgaba grados de instrucción primaria, escribano público y abogado, se impartía exclusivamente en el Instituto Juárez.

Numerosos hacendados se opusieron al programa de reforma educativa, bloqueando la introducción de la enseñanza primaria. Los medios informativos y literarios se circunscribían a los pocos periódicos existentes del gobierno y de particulares.

A principios del porfiriato se dictaron leyes que favorecían a las compañías deslindadoras extranjeras para la colonización de tierras nacionales y terrenos baldíos, en perjuicio de pequeños propietarios y comunidades indígenas.

En 1888 se aprobó un contrato que cedía a la compañía Agricultura Limitada del Tlahualilo los derechos sobre el uso del agua en la región lagunera. Proliferó el peonaje en las haciendas agrícolas algodoneras, mientras que el cultivo de parcela y pequeño agricultor abarcó desde Canatlán hasta El Mezquital.

Después de la intervención francesa la minería se mantuvo estable; además de la explotación de la veta del Cerro del Mercado, el mercurio atrajo a las compañías extranjeras.

A pesar de su auge, a fines del siglo XIX las haciendas ganaderas contrajeron grandes deudas, y en 1910 entraron en crisis. Aunque el ferrocarril no tuvo un gran desarrollo, permitió la comunicación de la capital con Zacatecas, el Salto y Lerdo, zonas mineras y agrícolas de la región. La industria textil se desarrolló en La Laguna y en las cabeceras de los distritos.